इस मंदिर को सभी धर्मों का धार्मिक स्थल कहा जाता है जो दुनिया भर से तीर्थयात्रियों का एक प्रमुख केंद्र माना जाता है।
इस मंदिर को शिरडी के साईं बाबा के नाम से भी जाना जाता है। वे साईं बाबा के आध्यात्मिक गुरु थे। साईं बाबा को उनके भक्त संत, फकीर, सतगुरु और भगवान शिव के अवतार के रूप में मानते हैं। साईं बाबा अपने जीवनकाल में हिंदू और मुस्लिम भक्तों द्वारा एक देवता के रूप में पूजनीय थे और उन्हें आज भी भगवान के रूप में स्वीकार किया जाता है और उनकी पूजा की जाती है। साईंबाबा अब श्री दत्तात्रेय के अवतार के रूप में पूजनीय हैं, और उन्हें सगुण ब्रह्मा के रूप में माना जाता है। साईं को उनके भक्तों द्वारा इस ब्रह्मांड के निर्माता, स्थिर और संहारक के रूप में श्रेय दिया जाता है।
उन्हें आभूषणों और सभी प्रकार के हिंदू वैदिक देवताओं से सजाया गया है क्योंकि वे सर्वोच्च भगवान हैं। ऐसा माना जाता है कि साईं बाबा का जन्म 1838 ई. उनके जन्म, परिवार और प्रारंभिक वर्षों का कोई विवरण स्पष्ट नहीं है। उन्होंने १८५८ से शिरडी में रहना शुरू किया। साईं बाबा ने अपने जीवनकाल में कई चमत्कार किए, जिनमें से अधिकांश बीमारियों के लिए चमत्कारिक इलाज थे। इसमें पर्याप्त इलाज के अभाव में हैजा, कुष्ठ और प्लेग जैसी बीमारियाँ फैली हुई थीं। साईं बाबा ने भी धर्म या जाति के आधार पर भेदभाव की निंदा की। यह स्पष्ट नहीं है कि वह मुस्लिम था या हिंदू।
दोनों ने हिंदू और मुस्लिम रीति-रिवाजों का पालन किया, दोनों परंपराओं से शब्द और आंकड़े सिखाए, और अंत में 15 अक्टूबर 1918 को शिरडी में समाधि ली। साईं बाबा हमेशा एक बात बोलते थे, 'अल्लाह मलिक' और 'सबका मलिक एक' जो हिंदू धर्म और इस्लाम दोनों से जुड़ा हुआ है। वह यह भी कहते थे कि 'तुम मुझे देखो, मैं तुम्हारा ख्याल रखूंगा'। साईं बाबा मंदिर में साईं बाबा के दर्शन करने के लिए हर दिन लगभग 25,000 भक्त शिरडी गांव आते हैं। त्योहारों के मौसम के दौरान, प्रतिदिन 1,00,000 से अधिक भक्त मंदिर में आते हैं। मंदिर परिसर का जीर्णोद्धार वर्ष 1998-99 में किया गया है
अब इसमें दर्शन लेन, प्रसादल, दान काउंटर, प्रसाद काउंटर, कैंटीन, रेलवे आरक्षण काउंटर, बुकस्टॉल आदि जैसी सभी आवश्यक सुविधाएं हैं। आवास सुविधा द्वारा प्रदान की जाती है। संस्थान। वर्तमान मंदिर अहमदनगर जिले के श्री साईं बाबा संस्थान ट्रस्ट द्वारा प्रशासित है। मंदिर परिसर में बैठने और आराम करने के लिए पीने का पानी, विश्राम कक्ष जैसी सभी बुनियादी सुविधाएं हैं। मंदिर में धार्मिक सामान, किताबें, तस्वीरें और खाने की चीजें बेचने वाली कई दुकानें हैं। देश की सबसे बड़ी रसोई साईं बाबा मंदिर में है, जहां रसोई में खाना पकाने के लिए सौर ऊर्जा का उपयोग किया जाता है। यह स्थान प्रतिदिन 40,000 से अधिक भक्तों की सेवा कर रहा है।