यह मंदिर 1590 और 1627 के बीच मुल्तान के निवासी श्री रामदास खत्री और कपूर द्वारा बनवाया गया था।
प्राचीन काल में यह मंदिर गोविंद देव जी के मंदिर के बाद आता है। निर्माण के समय और कारीगरों के बारे में कोई जानकारी नहीं है। प्रचलित कथाओं में कहा जाता है कि रामदास खत्री के व्यापारिक सामानों से लदी नाव यहां यमुना में फंस गई थी। जो मदन मोहन जी के दर्शन और प्रार्थना के बाद रवाना हुए। बदले में, राम दास ने मंदिर बनवाया, भगवान कृष्ण के कई नामों में से एक, पसंदीदा नामों में से एक मदन मोहन है। कालिदा घाट के पास शहर के दूसरी ओर एक ऊंचे टीले पर इसी नाम का एक मंदिर मौजूद है।
यहां भगवान एक विशालकाय सांप के फन पर वध कर रहे हैं। इसकी कथा लक्ष्मणदास की भक्त सिंधु में दी गई है। यह भक्त-माल का आधुनिक संस्करण है। गोस्वामीपद रूप और सनातन को नंदगांव से गोविंद जी की मूर्ति मिली। यहां इसे एक बंकर से खोदा गया, जिससे इसे गोविंद नाम दिया गया। वहां से गोविंद जी को वर्तमान ब्रह्मकुंड मंदिर के स्थान पर लाया गया। उन दिनों वृंदावन नहीं बसा था। वह पास के गांवों और मथुरा में भी भिक्षा के लिए जाता था।
एक दिन मथुरा के एक व्यक्ति ने उन्हें मदनमोहन की एक मूर्ति दी, जिसे वे लाकर दुशासन पहाड़ी पर कालिदा में ले आए। साथ ही उन्होंने अपने ठहरने के लिए एक झोपड़ी भी बनाई और उस स्थान का नाम पशुकंदन घाट रखा। क्योंकि सड़क इतनी ऊंची और नीची थी कि एक जानवर भी नहीं जा सकता था। एक दिन पंजाब में मुल्तान के रामदास खत्री, जो कपूरी के नाम से अधिक जाने जाते थे, आगरा के रास्ते में व्यापार का सामान लेकर एक नाव लेकर जमुना आए, लेकिन नाव कालीदाह घाट के पास रेतीले तट पर फंस गई।
उसे बचाने के तीन दिनों के असफल प्रयासों के बाद, वह स्थानीय देवता की तलाश करने लगा और मदद माँगने लगा। वह किनारे पर आया और पहाड़ी पर चढ़ गया। वहां उनकी मुलाकात सनातन से हुई। सनातन ने व्यापारी को मदनमोहन से प्रार्थना करने का आदेश दिया। उसने वैसा ही किया और तुरन्त नाव तैरने लगी। जब वह आगरा से माल बेच कर लौटा तो उसने सारा पैसा सनातन को सौंप दिया और उससे वहाँ एक मंदिर बनाने का अनुरोध किया, एक मंदिर बनाया गया और एक लाल पत्थर का घाट भी बनाया गया।