दोस्ती और प्यार का प्रतीक, इस दरगाह में हज़रत अलीशाह कलंदर और उनके शिष्य हज़रत मुबारिक अली शाह की दरगाहें हैं।
सूफियाना संगीत से गूंजने वाली बाबा कलंदर की दरगाह आज भी आस्था और आस्था का केंद्र है। कहा जाता है कि बाबा की पूजा करने से यहां पहुंचने वाले हर व्यक्ति की मनोकामना पूरी होती है। दरगाह की ख्याति इतनी है कि यहां देश-विदेश से लोग आवेदन करने आते हैं। पानीपत शहर की तंग गलियों से गुजरते हुए कलंदर चौक पहुंचते ही बू अलीशाह का रेट आ जाता है। हर गुरुवार को श्रद्धालु श्रद्धा और विश्वास की चादर चढ़ाने के लिए यहां पहुंचते हैं और उनका आशीर्वाद लेने के लिए बाबा के चरणों में नतमस्तक होते हैं। सुल्तान गयासुद्दीन के बेटे शहजादा मुबारिक खान हजरत कलंदर के शिष्य बने।
वह मुबारिक खान से इतना प्यार करते थे कि एक पल के लिए भी उन्हें खुद से अलग नहीं होने देते थे। मुबारिक खान बचपन में ही अल्लाह की इबादत में तल्लीन थे और उन्हें हजरत कलंदर की सेवा का लाभ मिलने लगा। मुबारिक खान की क्षमताओं से बाबा कलंदर बहुत प्रभावित हुए। एक दिन सुल्तान अलाउद्दीन शिकार खेलते हुए पानीपत आया। यहां वह हजरत कलंदर की सेवा में भी गए। उन्हें देखकर हज़रत कलंदर ने कहा कि अलाउद्दीन, जो सही समय पर आया है, हमारे लिए एक छाता और गुंबद बनवाओ। अलाउद्दीन ने इसे अपना सौभाग्य माना। इसके बाद अलाउद्दीन ने हजरत कलंदर की सेवा में तरह-तरह के पकवान भेंट किए।
इनमें से एक बोतल को चूसने के बाद हजरत साहब ने अपने प्रिय शिष्य मुबारिक खान को कुएं में डालने के लिए दिया, जिसे उन्होंने खुद प्रसाद के रूप में खाया। धनुष खाने के बाद मुबारिक खान व्याकुल हो गए और कुछ समय बाद उनकी मृत्यु हो गई। जब हज़रत कलंदर को इस बात का पता चला तो उनके मुँह से अचानक ये बात निकली- इन्ना लिल्लाही और इन्ना इलाही रजियून। इसके बाद उन्होंने मुबारिक अलीशाह की लाश मांगी और कहा कि ऐ दोस्त! आपको वज्म-ए-यार में जाने का सौभाग्य। लोगों का मानना है कि हजरत कलंदर ने कहा था कि जो कोई भी मेरी कब्र पर अच्छी प्रतिष्ठा के साथ आता है, उसे पहले मुबारिक खान की कब्र पर जाकर उपस्थित होना चाहिए।
तब से सबसे पहले मुबारिक अली शाह के मकबरे में शामिल हुए। कहा जाता है कि बू अलीशाह कलंदर ने पानी के नीचे 36 साल तक ध्यान किया। दुनिया में अब तक केवल ढाई कलंदर हुए हैं। इनमें से पहला हरियाणा के पानीपत शहर में हजरत शाह शैफुद्दीन बू अलीशाह कलंदर के नाम से जाना जाता है। दूसरा कलंदर पीर पाकिस्तान में शकील लाल शाहबाज कलंदर था, सात शरीह सिंध था और आधा कलंदर एक महिला थी। उसका नाम राबिया बसरी है। उनका मकबरा इराक में बसरा नामक स्थान पर मौजूद है। हजरत कलंदर की दरगाह में कसौटी के पत्थर हैं। इसके अलावा कसौटी का यह पत्थर वैतुल मुक़द में स्थापित है। इस पत्थर की धार्मिक मान्यता है कि यह पत्थर लोगों की इच्छाओं की परीक्षा लेता है।